O Aldeamento Indígena
Supõe-se que a colonização do território joseense teve início quase que contemporâneo com o da Capitania de São Vicente: presume-se aind que tal início aconteceu na segunda metade do século XVI, tendo sido primitivamente uma aldeia de índios guainazes emigrados de Piratininga, provavelmente no ano de 1564, fundada por determinação do Padre José de Anchieta, com o nome de Aldeia de São José do Rio Comprido.
O território joseense foi inicialmente ocupado por uma fazenda de pecuária criada oficialmente a partir da concessão de sesmarias, por volta de 1590, a pedido de padres jesuítas. Os indícios mais veementes de sua localização situam-na nas cabeceiras do Rio Comprido (hoje divisa natural entre São José e Jacareí), quando ao final da várzea o terreno se alteia em anfiteatro, e onde hoje se encontra a conservada sede da Fazenda Jardim, um dos belos casarões do período do café.
A classificação como fazenda de gado foi um artifício usado pelos jesuítas para ocultar dos bandeirantes uma missão catequetética.
A Lei de 10 de setembro de 1611, que criava e regulamentava aldeias de índios dispersos administrados por religiosos nos pontos em que conviessem ao interesse do Reino, não só transformou oficialmente a fazenda em missão de catequese, como também fez com que os índios se dirigissem aos sertões. Esse fato causou desagrado aos colonos que necessitavam e dependiam da mão-de-obra indígena e que tiveram suas ações dificultadas. O resultado desse conflito entre religiosos e colonos culminou com a expulsão dos jesuítas em 1640 e a consequente extinção da missão pela própria dispersão dos aldeados.
Alguns anos mais tarde os jesuítas reapareceram, trazendo mais alguns indígenas e, diferente do primeiro aldeamento, que ficava a leste de Piratininga, localizado às margens do Alto Rio Comprido, aproximadamente a 15 km a sudoeste da cidade atual, resolveram buscar ponto melhor e escolheram a magnífica planície, a 3 km do Rio Paraíba do Sul, onde hoje está o centro comercial da cidade. Do novo local tinha-se uma visão privilegiada da área que circundava a aldeia nova, garantindo maior segurança contra invasões, enchentes e permitindo boa ventilação e insolação.
Tais fatos ocorreram no intervalo de 1643 a 1660, quando os jesuítas obtiveram para os índios diversas léguas de terra concedidas por João Luiz Mafra, cavalheiro fidalgo da Casa de Sua Majestade. Essas terras eram compostas de quatro léguas em quadras, e o aldeamento foi estabelecido onde estão hoje as Praças João Pessoa e Expedicionários. Progredia a Aldeia Nova de São José, quando em 1650 foram concedidas sesmarias a Angelo de Siqueira Afonso e esposa, vindos de Jacareí, estabelecendo-se entre os índios.
Sabe-se ainda que a organização urbana no plano teórico e prático da aldeia, é obra atribuída ao padre jesuíta Manoel de Leão, cuja principal ocupação era a de ser administrador, estando em São Paulo desde o ano de 1663, encontrava-se à frente das fazendas mais remotas. Entre estas, figurava-se o aldeamento em solo joseense.
Em 1692 essa aldeia aparece com o nome de “Residência do Paraíba do Sul” e em 1696 como “Residência de São José”. A 8 de janeiro de 1747, segundo Alfredo Moreira Pinto, foi feito o primeiro lançamento de batizados, assinado pelo Padre Francisco de Paula.
Com o início do ciclo da mineração, o aldeamento passa por sérias dificuldades devido a saída de braços para o trabalho nas minas. Nota-se, ainda, por parte dos padres um certo abandono em relação ao destino da aldeia.
Após a expulsão dos jesuítas do Brasil em 1759, todos os bens dessa ordem religiosa, tais como fazendas, colégio e aldeias passaram para a custódia da Coroa. Esta determinou ao Governador Geral, D. Luis Antonio de Souza Botelho Mourão, o Morgado de Mateus, que tornasse essas novas propriedades produtivas.
O Governador Geral pediu e obteve do Vice-Rei autorização para criar Freguesias e Vilas, de modo que a 27 de julho de 1767 foi formalizada a ereção da Aldeia em Vila de São José do Paraíba. Foi um fato atípico à época, posto que que a Vila ainda não houvera sido Freguesia.
A Evolução de Vila à Cidade
A emancipação à categoria de Vila não foi um fator determinante para o seu progresso, que por muitos anos manteve as mesmas características de uma pequena vila com predominância do setor rural. A principal dificuldade de São José era o fato de a Estrada Real, que ligava as Capitanias de São Paulo e Rio de Janeiro, passar fora de seus domínios. Somente cerca de um século mais tarde, em 22 e abril de 1864, foi elevada à categoria de Cidade. Em 04 de abril de 1871 recebeu a atual denominação de São José dos Campos, adotado em virtude da imensa extensão de campinas aqui existentes, seguida pela criação da Comarca em 1872.
O Ciclo do Algodão: O algodão teve uma rápida evolução na região, atingindo seu apogeu no biênio 1867/1869, como a maior produção da Província, quando chegou até a concorrer com a produção cafeeira, declinando sensivelmente até o final do século. São José foi o município da região ocidental do Vale que mais se destacou na cultura do algodão, que visava, principalmente, o abastecimento das indústrias inglesas de tecidos.
O censo de 1872 registrou que o município possuía uma população de 12.998 habitantes, sendo que destes 1.245 eram escravos. O progresso da cidade recebeu novo alento quando da chegada da estrada de ferro, cortando o centro urbano.
O Ciclo do Café: Quase simultaneamente, há o desenvolvimento da cultura cafeeira no Vale do Paraíba, que começou a ter alguma expressão a partir de 1830, sendo que São José do Paraíba já contribuía para a produção regional. Em 1854 constatou-se que o incremento da produção joseense seria um dos maiores da região, conseguindo repercussão nacional. No entanto, foi no ano de 1886, quando já contava com o apoio da Estrada de Ferro inaugurada oficialmente em 18 e janeiro de 1877 (já estava pronta desde 1876), que a produção cafeeira joseense teve seu auge, mesmo num momento em que já acontecia a decadência dessa cultura na região, conseguindo ainda algum destaque até por volta de 1930.
No censo de 1920 os bovinos da região alcançavam um total de 10.966 cabeças, indo atingir no Censo de 1940 o total de 28.549, época em que o ciclo da pecuária se sobrepõe ás culturas do café e do algodão.
Em 23 de maio de 1932, na Praça da República, em São Paulo, é vitimado o estudante Euclides Miragaia, joseense, nascido em 20/11/1910. Em virtude desse trágico acontecimento eclodiu a Revolução Constitucionalista.
Fase Sanatorial: A procura do município de São José dos Campos para o tratamento de tuberculose pulmonar, teria se tornado perceptível no início deste século, devido às condições climáticas supostamente favoráveis. Entretanto, somente em 1935, quando o município foi transformado em Estância Hidromineral, que São José passou a receber recursos oficiais que puderam ser aplicados na área sanatorial. Com o advento dos antibióticos nos anos 40, a tuberculose começou a receber tratamento ambulatorial, caracterizando assim o fim da função sanatorial até então exercida. Essa fase ainda persistiu até fins da década de 50, quando definitivamente cedeu lugar à industrialização, num momento onde era crescente a vinda de novos estabelecimentos industriais para a cidade.
A Industrialização: O processo de industrialização do município, tomou impulso a partir da instalação do Centro Técnico de Aeronáutica – CTA, em 1950. No segundo semestre desse ano foi transferido para a cidade o Instituto Tecnológico da Aeronáutica, criado em 1947 no Rio de Janeiro, cujos alunos eram bolsistas do Ministério da Aeronáutica. Já em 19 de janeiro de 1951, acelerando o desenvolvimento industrial, foi inaugurada a BR-116 – Rodovia Presidente Dutra, possibilitando assim uma ligação mais rápida entre Rio de Janeiro e São Paulo e cortando a parte urbana da cidade. A conjunção desses fatores permitiu que o município caminhasse para o potencial científico-tecnológico em que atualmente se encontra.